
Su reinado fue movidito, a los 8 días de haberse instalado en el trono Francia era derrotada en Bailén y tuvo que abandonar Madrid. Napoleón consigue de nuevo avanzar en territorio español y José vuelve a la capital, iniciándose el gobierno propiamente dicho, llegando a querer lo mejor para España se enrarecieron las relaciones con su hermano.
Los objetivos de José I para cambiar España eran claros: racionalizar, centralizar, liberalizar, educar y urbanizar. Pero el mayor problema de José era su hermano Napoleón, que en ningún momento estuvo dispuesto a renunciar al control directo sobre territorio español, y para ello creó 4 gobiernos militares en la frontera con Francia: Cataluña, Aragón, Navarra y Vizcaya dándoles a generales militares plenos poderes civiles y militares sobre ellos, lo que no facilitaba la posición de José que además de privarle de importantes recursos suscitaba enormes recelos que lo veían como una amenaza para la integridad nacional, José amenazó con abdicar, pero Napoleón hizo oídos sordos.

Cuando las tropas francesas fueron definitivamente derrotadas José tuvo que huir hacia Valencia donde fue temporalmente exiliado hasta que fue evacuado definitivamente. Napoleón firmo el Tratado de Valençay y Fernando VII volvía a ser rey de España, entonces el país daba un tremendo salto hacia atrás, perdiendo todas las reformas modernizadoras que José I había promulgado: la abolición de los derechos señoriales, la abolición de las órdenes religiosas masculinas, la desaparición de la Santa Inquisición, la centralización de la administración, la división del territorio en 38 prefecturas para hacer más fácil la administración, la creación de escuelas secundarias en las grandes ciudades, e incluso el embellecimiento de la ciudad de Madrid al que dio grandiosidad con reformas urbanísticas como la mejora el alcantarillado.
De él se cuenta que era un hombre bueno y bien intencionado, y que incluso ayudó personalmente en ocasión de la gran hambre que pasó Madrid en 1811-1812, visitando los barrios más afectados de la capital y ayudando a los más pobres.